Ось що знайшла:

Postoji više tumačenja porijekla imena Šibenika no niti jedno nije prihvaćeno kao potpuno sigurno i točno. Juraj Šižgorić u jednom svom djelu kaže da je grad nazvan tako jer je bio okružen šibama. I drugi istraživači, mletački i lokalni, misle slično te smatraju da je prvotni Šibenik bio mjesto šibljem okruženo, od njega napravljeno i ograđeno. Drugo tumačenje povezuje ime grada sa šumom posredstvom toponima “Sibinicum”, koji je pokrivao užu mikroregiju Šibenika. Moderni povjesničari navode da je karakteristično da se Šibenikom nazivaju još neke glavice i vrhovi brda, a i nekoliko naselja na uzvisinama ima šib u korijenu pa se smatra da se radi o staroslavenskoj riječi za uzvisine. Neki ga dovode u vezu s češkom riječi šibenice koja znači vješala i gubilište, pa se pretpostavlja da je u starom jeziku ta riječ mogla imati isti smisao i označavati brijeg gdje su se osuđenici dovodili na šibanje i pogubljenje. Postoje i poetičnija objašnjenja poput onog da je "Šibenik vjetrom i morem stalno šiban".

Тобто різні варіанти назв, але також серед них згадується й шибениця. Тобто може таки й через шибеницю.